Bei einer Infektion mit M.hyo wird der Selbstreinigungsprozess der Lunge vermindert. Als Folge können andere Erreger leichter haften, die normalerweise wieder aus der Lunge "herausgeworfen" würden - eine komplizierte Lungenentzündung ist die Folge.
Mycoplasmen sind beispielsweise auch der PRRS-Virus-Wegbereiter und auch für andere Krankheitserreger.Bevor man in Deutschland mit der flächendeckenden Impfung gegen M.hyo begann, zeigten Untersuchungen, dass 60-90% der Schweine bei Schlachtung Veränderungen der Lungen aufwiesen, die auf Atemwegserkrankungen zurückzuführen waren.

Die wirtschaftlichen Verluste durch M.hyo sind selten durch hohe Tierverluste bedingt als vielmehr durch Leistungseinbußen. Geringe Tageszunahmen (bis 150g/Tag) sowie eine schlechtere Futterverwertung (bis 15%), vermehrtes Auseinanderwachsen und ein erhöhter Medikamenteneinsatz belasten die Deckungsbeiträge.